Последний - четвертый фильм, Евангелион: 3.0+1.0. В 2000 году была организована экспедиция в Антарктиду, полностью состоящая из членов организации Seele, окружённой обилием запятанных сплетен и находящейся под руководством медиком Кацураги. Данная экспедиция нашла в Антарктиде существо, нареченное потом Первым Ангелом, Адамом. В итоге опыта, проводимого над ним в согласовании с планами Seele, произошёл катаклизм, нареченный «Вторым Ударом». Настоящая причина катаклизма была укрыта от общественности. По официальной версии виной был метеор, врезавшийся в Антарктиду на околосветовой скорости. В итоге катаклизма планетка изменила наклон собственной оси, что привело к глобальным изменениям климата и нескончаемому лету в Японии. Существенная доля суши погрузилась под воду. Половина населения земли была уничтожена, которая осталась погрузилась в войны. 1-ый год после Второго Удара стал адом, который нельзя обрисовать словами. Кроме того, погибла вся экспедиция врачи Кацураги кроме Гэндо Икари, который покинул Антарктиду накануне трагедии, и дочери врачи Кацураги, Мисато, которую её отец выручил ценой своей жизни. После Второго Удара был организован институт Gehirn, который занимается предстоящим продвижением планов Seele, также разработкой боевых биороботов, Евангелионов, нужных, чтоб противодействовать Ангелам. После суицида ведущего учёного института, Наоко Акаги, Gehirn был преобразован в институт Nerv. Вместе с этими 2-мя организациями был организован институт Marduk, в чьи обязанности заходил поиск во всем мире претендентов в пилоты Евангелионов.